公司缴纳个人所得税的做账方法如下：
公司需要根据个人所得税法和相关规定，计算员工的应纳税所得额和应缴纳的个人所得税税额。
在发放员工工资时，公司应当扣减员工应缴纳的个人所得税，并将税款直接缴纳给税务部门。
公司需要按照税务部门的要求，做好个人所得税的申报和缴纳工作，一般需要按月或按季度进行申报和缴纳。
公司应当将扣减的个人所得税金额记入会计账簿，例如在工资支出、个人所得税支出等科目中记录。
具体的会计分录如下：
计提个人所得税：
借：应付职工薪酬-工资
贷：应交税费-个人所得税
发放工资并扣减个人所得税：
借：库存现金
贷：银行存款
借：应交税费-个人所得税
贷：应付职工薪酬-工资
缴纳个人所得税：
借：应交税费-个人所得税
贷：银行存款
通过以上步骤和分录，公司可以正确记录和缴纳个人所得税，确保合规操作。