扣货款时的记账方法如下：
企业应首先明确扣款的具体原因和金额，这是进行准确记账的基础。
在会计系统中，应在“银行存款”科目下做借方记录，以反映银行存款的减少。
根据扣款的原因，选择相应的贷方科目进行记录。例如：
因银行手续费：贷方科目记为“财务费用”，并附上银行扣款通知作为凭证。
因逾期付款产生的罚息：贷方科目记为“财务费用—罚息支出”。
因商品质量问题导致客户索赔：贷方科目记为“销售费用—退货损失”。
如果扣款是因为客户已经支付但需要扣除部分款项，则应在“应收账款”科目中做借方记录，以反映应收账款的减少。
如果扣款是因为销售折让，且折让发生在确认销售收入前，则应在确认销售收入时直接按扣除销售折让后的金额确认。
记账完成后，应对账务进行综合性分析并核对账目，确保每一笔交易都有据可查，账目清晰明了。
利用现代信息技术手段如ERP系统辅助记账，可以提高工作效率与准确性。
通过以上步骤，企业可以准确无误地将货款扣款记录在账簿中，确保财务管理的规范性和准确性。