运输行业通常由多个部门进行管理，具体如下：
负责管理和监督道路、水路、航空、铁路等各类交通运输的行政管理机构。
下设有各级交通运输管理部门，负责监管和管理本地区内的各类交通运输企业和行业。
主管全国道路运输管理工作。
县级以上地方人民政府交通主管部门负责组织领导本行政区域的道路运输管理工作。
县级以上道路运输管理机构负责具体实施道路运输管理工作。
运管是交通局下属的一个部门，主要管理持有营运证的车辆及从事营运但没有营运证的私家车。
运管处是运输管理部门的分支机构，隶属于交通局，负责监管运营性质的交通运输。
具有政府行政管理职能，负责交通运输企业的管理工作。
物流运输可能归生产部门或销售部门管辖，具体取决于公司的组织架构和业务范围。
职责主要归属于交通运输的主管部门，具体为交通管理局或交通厅。
如徐州市交通运输局，负责贯彻落实中央关于交通运输工作的方针政策和省委、市委的决策部署。
交通运输管理部门内部设有多个内设机构，如办公室、综合计划处、财务和审计处、法规处等，负责具体事务的管理和监督。
综上所述，运输行业涉及多个层面的管理部门，从国家级的交通运输主管部门到地方交通管理部门，再到具体的运管部门和物流管理部门，形成了一个复杂而有序的管理体系。