协议的作废可以通过以下几种方式：
双方当事人可以通过协商，一致决定解除合同来使协议作废。这需要双方共同签署一份作废协议，明确约定原协议条款的废止，并对废止后合同中未履行和已经履行的内容做出妥善安排。
在出现法定的或约定的解除事由时，解除权人可以解除合同来使协议作废。例如，在出现不可抗力、一方明示违约等情形时，当事人可以依据《中华人民共和国民法典》第五百六十二条和第五百六十三条解除合同。
双方当事人可以协商签订终止原合同的补充协议，约定原合同的相关条款被废止，并对废止后合同中已履行和没有履行的内容做出妥善安排。
将合同原件全部收齐，在合同签约各方的共同监督下销毁。这种方式可以通过签订一份合同作废的协议，并在双方证人见证下进行销毁。
合同的各方分别向其他几方书面承诺合同作废。这种方式需要各方签署书面文件，明确表明合同作废的意愿和具体安排。
当合同已经盖章但尚未生效时，双方可以协商修改合同内容并重新盖章，或者协商一致解除合同。作废合同的方式和程序需要根据具体情况而定，并注意遵循诚实信用原则，不得损害对方利益。
建议
明确作废原因：在作废协议之前，首先要明确作废的原因，是否是因为协商一致、法定事由或其他特定情况。
书面记录：无论采取哪种方式作废协议，都应确保有书面记录，并明确各方的权利和义务，以便日后处理可能出现的纠纷。
法律咨询：在作废协议过程中，建议咨询专业律师，确保作废过程合法合规，不损害任何一方的合法权益。