考勤档案的保存期限主要依据相关法规和公司政策。 一般而言，考勤档案至少应当保存两年。具体规定如下：
要求企业保存员工考勤记录至少两年，以维护企业利益和备查需要。
明确规定用人单位应将工资支付记录保存两年以上。
如江苏省，要求用人单位保存劳动考勤记录不得少于两年。
尽管存在“至少保存两年”的普遍要求，但部分单位可能会根据自身情况延长保存期限，例如保存三年或更长时间。此外，对于离职员工的考勤档案，一些单位会延长保存期限至三年以上，以确保信息安全和合规性。
综上所述，考勤档案的保存期限至少为两年，但具体保存期限可能会因地区和公司政策而有所不同。建议企业参照当地法律法规和内部政策，确保考勤档案的妥善保存和合规性。