港澳通行证和护照的主要区别在于它们的目的地、办理机构、有效期和作用：
护照：用于前往第三国家或地区。
港澳通行证：用于前往香港和澳门特别行政区。
护照：由各国驻中国大使馆或领事馆签发。
港澳通行证：由中国公安部出入境管理局签发。
护照：成人通常为10年，未成年人通常为5年。
港澳通行证：签注有效期最长为1年，过期后需重新办理。
护照：用于出国时的身份和国籍证明。
港澳通行证：用于前往香港和澳门时的身份和国籍证明。
需要注意的是，港澳通行证有时也被称为“双程证”，因为它允许持证人在一定期限内多次往返于内地和香港或澳门之间。