耕地纠纷通常由以下部门处理：
处理个人之间或个人与单位之间的耕地纠纷。
处理单位之间的耕地纠纷，以及个人与单位之间的纠纷。
当纠纷无法通过协商解决，且人民政府处理后仍有异议时，可向人民法院提起诉讼。
对于土地违法行为，可以纠正违法行为，当事人可以就合法土地被违法占用向自然资源部提起查处申请。
进行初步的调解和处理。
当事人不愿协商或调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁。
提供民间纠纷的调解服务。
在处理耕地纠纷时，应首先尝试通过协商解决问题，协商不成时再寻求政府或司法途径解决。
