物流费用的做账方法如下：
根据相关费用合同或发票，收集物流费用的支出信息，包括发票金额、发票号、发票日期、收款方等。
将收集到的物流费用支出信息录入会计系统，确保录入的信息符合费用流水记账标准。
根据会计凭证规则，生成相应的会计凭证。会计凭证应包括摘要、借贷方金额及科目信息等。
审核会计凭证，确保其准确无误后，将物流费用根据会计准则准确地记入账簿。
根据不同的业务类型，可能会有不同的记账方式。例如，商贸公司购入商品时的物流费用可以记入“销售费用”，而销售商品时单独收取的运费可以记入“其他业务收入”。
运费补贴等支出应归集到“应付账款”和“其他应付款”中，其他运费支出则归集到“货物运输费”中。
若供货单位代垫运费，销售方公司应根据不同情况分别进行会计处理。例如，若费用应由销售方公司负担，则记入“销售费用”和“应付账款”；若费用由购货方承担，则记入“应收账款”。
物流公司发生运费收入时，应记入“主营业务收入”和“应交税费——应交增值税（销项税额）”。
物流公司发生其他运费支出且取得对应发票时，应记入“管理费用——运费”和“应交税费——应交增值税（进项税额）”。
通过以上步骤，可以确保物流费用的准确记账，并符合相关会计准则的要求。