工程决算书的编制是一个系统性的过程，通常包括以下几个步骤：
收集项目实际支出数据，包括财务、债务和结余物资等信息。
整理和分析原始资料，如设计文件、施工记录、预（决）算文件等。
清理各项财务数据，核实工程变动情况，重新核算工程造价。
填写竣工决算报表，编制竣工财务决算说明书。
进行工程造价对比分析，确定项目的总造价和单价。
对比预算与实际支出，分析超支或节约的项目。
梳理项目进度和成果，评价项目的实际效益。
撰写决算报告，内容包括项目概述、预算与实际支出比较、效益评估、问题分析和解决方案等。
确保报告内容全面、简明扼要，并具有客观性和可读性。
按照国家规定上报主管部门进行审查。
确保所有文档完整，签字确认后存档。
对于合同中的特殊条款，如一次性包死价格或可变价格，需要具体问题具体分析。
如遇延期支付，应按照同期银行贷款利率支付利息，或协商工程折价，或依法拍卖。
请根据具体项目的实际情况和当地规定，遵循上述步骤进行工程决算书的编制。