绿色食品商标的认证流程如下：
申请人需要填写《绿色食品标志使用申请书》，一式两份，并附上相关材料，报所在省（自治区、直辖市、计划单列市）绿色食品管理部门。
省绿色食品管理部门会委托通过省级以上计量认证的环境保护监测机构，对申请产品或产品原料的产地进行环境评价。
省绿色食品管理部门对申请材料进行初审，并将初审合格的材料报中国绿色食品发展中心。
中国绿色食品发展中心会同权威的环境保护机构对申请材料进行审核。合格的，由指定的食品监测机构对申报产品进行抽样检测，依据绿色食品质量和卫生标准进行检测。不合格的，当年不再受理其申请。
中国绿色食品发展中心对质量和卫生检测合格的产品进行综合审查（含实地核查），并与符合条件的申请人签订“绿色食品标志使用协议”。农业部颁发绿色食品标志使用证书及编号，并报国家工商行政管理局商标局备案，同时公告于众。
如果申请材料不齐全，申请人需在收到文审意见通知单后10个工作日内提交补充材料。申请材料不合格的，通知申请人本生长周期不再受理其申请。申请材料合格的，进入下一程序。
省绿办制定现场检查计划，并在计划得到申请人确认后，派检查组对申请人的生产环境、生产过程、产品质量等方面进行现场检查，并收集相关资料，对产品进行抽样。
省绿办根据现场检查报告、产品抽检报告等进行评审，对申请人提出整改意见。申请人需按照要求进行整改，并将符合标准的产品进行鉴定和认证。
鉴定机构进行客观评估和检测，并根据评估结果出具绿色食品认证证书。申请人在产品上标明绿色食品认证编号和标志，便可开始销售。
建议申请人在申请绿色食品认证前，仔细阅读相关要求和流程，确保所有材料齐全、真实有效，以提高认证成功率。