如果您因欠挂靠公司的款项而导致车辆被扣，您可以采取以下措施：
尽快向法院递交一份执行异议书，说明情况并提供挂靠协议等证据，以证明该车辆实际上属于您个人的财产。
通过法律途径向法院提起诉讼，请求法院确认您对车辆的财产权，并采取相应的强制措施，如扣押、冻结或转移车辆。
如果车辆被非法扣押，您可以向当地公安机关报案，说明情况并提供相关证据，让警方介入调查。
尝试与挂靠公司进行协商，寻求妥善解决债务问题的方法。如果协商无果，再通过法律途径解决。
保留所有与车辆相关的文件，如购车合同、行驶证、挂靠协议等，以便在法律诉讼中使用。
在处理此类问题时，建议咨询专业律师，获取更具体的法律建议和帮助。
通过以上措施，您可以维护自己的合法权益，确保车辆不被非法扣押，并解决与挂靠公司之间的债务纠纷。