福建渔船的管理主要涉及以下部门：省级和市级渔业行政主管部门：负责远洋渔业船舶和船长12米（含12米）证件齐全的渔船管理。县级渔业行政主管部门：负责船长12米以下证件齐全的渔船管理。乡（镇）人民政府和街道办事处：负责船长12米以下的乡（镇、街道）小型涉渔船舶管理。县级以上地方人民政府渔业行政主管部门：