当甲方拖欠工程款时，可以采取以下措施：
无论是图纸变更、定期整改还是材料更换，都可以通过发函的方式催收工程款。
在收发本上填写好签收人和签收日期，作为有力证据。
可以通过电话或当面交涉，并注意录音或录像。
在交谈中提及拖欠工程款的具体数额和结算时间，为后续诉讼提供证据。
如果拖欠数额过大，可以尝试要求甲方先支付一小部分款项，以缓解资金压力并重新计算诉讼时效。
有时甲方会不承认欠款的数额，可以故意主张更多的欠款金额，例如甲方欠100万，可以主张200万，以便在诉讼中争取更多利益。
一旦超过两年的诉讼时效，将丧失胜诉权。因此，建议尽快提起诉讼。
胜诉后，如果甲方未履行法院判决，可以申请法院强制执行，法院会依法查询债务人名下的房产、车辆、证券和存款。
在催收过程中，注意保留电话录音、函件往来等证据，以备不时之需。
如果自己手段方法不凑效，可以咨询律师，了解自己的权益和法律责任，并寻求律师帮助提起诉讼或采取其他法律手段。
可以选择委托正规合法的催债公司，但需注意选择正规公司并了解其催收手段的合法性。
如果对方公司是有影响力的大公司，可以通过媒体制造舆论压力，促使其尽快支付工程款。
综上所述，处理甲方拖欠工程款的问题时，应综合运用法律、协商、催收等多种手段，并在整个过程中注意保留相关证据，以便在必要时通过法律途径维护自己的权益。