加工企业在抵扣增值税时，主要依据的是增值税专用发票和农产品专票。以下是抵扣流程的简要说明：
获取增值税专用发票，这是抵扣进项税额的基础。
根据销售额计算销项税额。
从销项税额中减去进项税额，得出实际应缴纳的增值税额。
先对进项发票进行认证，确保其合法性和正确性。
在次月的增值税纳税申报表上申报认证通过的进项税额，并从销项税额中抵减。
对于农产品深加工企业，可以取得9%的农产品专票。
在“抵扣勾选”模块进行9%抵扣勾选，并在“农产品加计扣除勾选”模块进行1%的加计扣除。
进项税额必须是合法取得，如伪造、虚开等不得抵扣。
抵扣范围有限制，例如固定资产、无形资产的进项税额需要在规定年限内分摊抵扣。
企业应按规定期限申报抵扣，否则可能影响抵扣效果。
请根据您的具体情况，按照上述流程进行增值税的抵扣操作。