如果拆迁协议丢失了，可以采取以下措施来处理：
携带当事人的派出所户籍证明、身份证、拆迁补偿协议上所列的被拆迁房屋的房产证复印件等证明性文件资料。
到当地拆迁办或其上级主管部门，请求复印一份拆迁协议。
在申请补办拆迁补偿安置协议书之前，建议先登报公示遗失信息，以确保其他方了解该情况。
申请时需要携带申请证明书、登报声明和具结书等材料。
拆迁部门在核实相关信息后，会为您补办拆迁补偿安置协议书。
如果以上方法都无法解决问题，可以委托律师启动调查程序，以获取拆迁协议的复印件。
在补办过程中，拆迁部门会对申请人的身份、房屋信息以及协议丢失情况进行核实，以确保补办的协议书的合法性和有效性。
通过以上步骤，您应该能够顺利补办拆迁协议，并确保自身的合法权益得到最大程度的保护。